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Portal:Bioinformatik/Software

Aus BioKemika

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Was finde ich in diesem Portal?

Hier findest du Informationen über Software und online-Tools, die dir dabei helfen Informationen zu organisieren, zu visualisieren und zu analysieren. Viele der hier vorgestellten Programme sind nicht notwendig, um bestimmte Aufgaben zu erledigen. Aber sie erleichtern einem das Leben erheblich, da sie die Aufgabe schöner, schneller und sicherer - einfach besser erledigen, als man manuell dazu in der Lage wäre. Tools und Software sind wichtig: von der Planung des Experiments bis hin zum Schreiben der Publikation. Tools helfen dir dabei optimale Rahmenbedingungen für dein Experiment abzuschätzen. Andere wie Struktur-Visualisierungsprogramme helfen dir bei der Präsentation deiner Resultate.

Einige Anmerkungen vorneweg

Wie in allen anderen Bereichen, gibt es auch für einzelne Anwendungen in der Biochemie viele verschiedene Tools und Software mit ähnlichen Funktionen. Die Unterschiede sind oft nur an Kleinigkeiten festzumachen - so ist ein stärkerer Ausbau mancher Programm-Funktionen bei einer Software einer bestimmten Kategorie vorzufinden als bei äquivalenter Software - So füllt jede Software eine bestimmte Nische. Dies ist besonders bei den Visualisierungs-Programmen für 3D-Strukturen zu beobachten. Ein weiteres Unterscheidungsmerkmal, das vor allem für online-Tools wie Sequenz-Analyse-Tools, Homologie-Suchen oder Alignment-Tools gilt, ist die Art des zugrunde liegenden Algorithmus bzw. die Gleichungen, auf denen die Analysen beruhen. So geben unterschiedliche Tools in diesen Bereichen andere Ergebnisse, weil sie die selbe Funktion auf eine andere Art und Weise bzw. mit einer anderen Methode ausführen. Dies ist auch gleichbedeutend damit, dass keines der Tools sicher ein richtiges Ergebnis liefert - Es sind immer nur Anhaltspunkte, die bei der Planung des Experiments berücksichtigt werden können, die es aber selbst im Experiment zu verifizieren gilt. In einigen Fällen können die Algorithmen auch in einer Sackgasse landen und ein falsches Ergebnis produzieren - also immer kritisch bleiben! Zu jeder hier aufgeführten Kategorie wird der Übersichtlichkeit wegen nur eine sehr kleine Auswahl an Software und Tools vorgestellt, wobei bevorzugt frei nutzbare Software präsentiert wird.

Der ExPASy Proteomics Server (→Homepage) wartet mit zahlreichen onLine Tools auf, die dir bei der Analyse, bei Vergleichen und Übersetzungen von Proteinsequenzen helfen. Nicht alle Tools, die auf ExPASy verlinkt sind, befinden sich auch auf ExPASy - Es handelt sich um eine große Link-Sammlung. Falls du mal eine richtig große allgemeine Übersicht benötigt, schaue mal auf Genamics SoftwareSeek. Hier sind Tools und Software hierarchisch nach ihrer Funktion im biochemischen/molekularbiologischem Bereich sortiert.