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Im Rahmen vom Vintage-Projekt des studentischen eLearning am Fachbereich 13 der Goethe-Universität werden alte studentische Projekte wieder erreichbar gemacht. Weitere Infos. Diese Kopie der BioKemika ist Read-Only, es ist kein Login zum Verändern der Informationen möglich.

Portal:Bioinformatik/Freeware

Aus BioKemika

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Was finde ich in diesem Portal?

Auf dieser Seite werden Programme aufgeführt, die für Studenten der Goethe Universität frei nutzbar sind. Dabei werden sowohl Software für wissenschaftliche Zwecke, als auch allgemeine Software berücksichtigt. Neben einer Kurz-Beschreibung des Programms findest du einen Link zu einer Download-Seite, auf der das Programm kostenlos heruntergeladen werden kann. Diese Seite ist weniger ein Informations-Portal, als eine Link-Sammlung für empfehlenswerte Software, die du kostenlos nutzen kannst. Für nähere Informationen zur hier gelisteten wissenschaftlichen Software, lese bitte im Portal Software und Tools nach. Dieses Portal enthält jedoch auch Software, die nicht frei nutzbar ist.


Software-Lizenzen

  • Open Source – Nutzung ohne Einschränkungen, Kopien sind kostenlos und Quellcode ist einsehbar und veränderbar. Verbietet die Reprivatisierung.
  • Freeware – Nutzung ohne Einschränkungen und Kopien sind kostenlos. Quellcode ist weder einsehbar noch veränderbar.
  • Shareware – Nutzung ist zeitlich begrenzt. Uneingeschränkt nach Bezahlung.
  • Demo/Testversion – Nutzung mit Einschränkungen. Uneingeschränkt nach Kauf.
  • Proprietär – Nutzung erst nach Kauf.

In der folgenden Liste befindet sich ausschließlich Software, die für Studierende nicht proprietär sind.


Freeware-Liste

Kategorie Hauptartikel Beschreibung Download
Literaturverwaltung und Wissensorganisation Citavi Citavi erlaubt in der Citavi Free Version das Speichern unendlich vieler Projekte, jedoch darf jedes Projekt maximal 100 Titel aufweisen. Es sind keine weiteren Einschränkungen im Vergleich zur Pro Version vorhanden. Für Studenten der Goethe Universität ist die Pro Version frei für bis zu zwei Installationen, siehe dazu auch den Hauptartikel zu Citavi. Citavi Homepage
JabRef JabRef ist ein Open Source Projekt, zur Erstellung einer Literaturverwaltungssoftware. Sie bietet native Unterstützung des BibTeX, wodurch es sehr gut für LaTeX Benutzer geeignet ist. Außerdem ist es zu weiteren Bibliographie-Formaten kompatibel. JabRef unterstützt auch die on-Line Suche in der Datenbank PubMed, sowie in weiteren Datenbanken. JabRef bei Sourceforge
Plotting- und Mathematik-Software Origin Viewer Origin Viewer ist ein freies Programm von OriginLabs, damit jede Person die Origin Dateien lesen kann. Es ist möglich Daten und Diagramme aus einer Origin-Datei zu kopieren, diese zu bearbeiten ist jedoch nicht gestattet. Origin Viewer bei OriginLabs Seite
Origin 8.1 Origin ist keine Freeware. Es existiert aber für Angehörige der Goethe Universität an den Fachbereichen 11 bis 16 eine kostenlose Lizenz, die man beim HRZ direkt abholen kann. Die Software selbst lässt sich auf der Homepage des Herstellers herunterladen. Eine vollständige Anleitung, wie du an eine Origin-Installation auf deinem Privat-Rechner bekommst findest du hier. Anleitung mit allen wichtigen Links
Octave GNU Octave ist eine mathematische Sprache, in erster Linie für numerische Berechnungen. Es bietet eine komfortable Command Line für die Lösung linearer und nichtlinearer Probleme , und für die Durchführung anderer numerischer Experimente mit einer Sprache, die weitgehend kompatibel zu MatLab ist. Es gibt auch die Möglichkeit Stapel zu verarbeiten (Batch Modus). Aus Octave Downloadseite
Visualisierung von 3D-Strukturen PyMol PyMol ist ab Version 1.0 kein Freeware-Programm mehr. Nichtsdestotrotz kann man die Version 0.99 frei installieren und verwenden. Man kann auch PyMol selbst kompilieren, wodurch man eine aktualisierte Version des Programms erhält, die auch kostenlos verwendet werden kann. PyMol V0.99 bei Delano Scientific
Molekularbiologie Serial Cloner Serial Cloner ist eine Sftware um Kofortabel mit DNA zu arbeiten. Plasmidgenerierung, Restriktionsanalyse, Gelelektrophorese, PCR, Ligation, BLAST zwischen Sequenzen und zwischen einer Sequenz und einer Datenbank sind einige Stärken dieses Programms. Kompatibel mit Mac und Windows und Linux. Serial Cloner von Serial Basics
Office-Paket OpenOffice OpenOffice ist ein freies Software-Paket, das alle gängigen Funktionen von MS-Office bietet. Es ist sehr zu empfehlen, denn OpenOffice ist stabil und bietet viele Funktionen, die man bei MS-Office vermisst, wie z.B. das lesen von BibTeX Dateien. OpenOffice bei openoffice.org
TeX LaTeX LaTeX ist eine Sprache zur Formatierung von Dokumenten, die man lernen muss, wie auch HTML oder PHP Sprachen für die Formatierung von Webseiten sind. Ein Computer liest die LaTeX Dateien und produziert damit das eigentliche Dokument, zum Beispiel im PDF-Format, so wie HTML oder PHP Dateien von deinem Internet-Browser in eine Webseite übersetzt werden. Wissenschaftliche Arbeiten müssen oft in diesem Format geschrieben werden - viele Journals akzeptieren nur LaTeX. Daher sollte man sich früh mit dieser Sprache auseinandersetzen. LaTeX
LyX LyX kombiniert die Flexibilität von LaTeX und die Einfachheit einer graphischen Benutzeroberfläche. Wer sich nicht direkt an LaTeX herantraut, kann dieses Open Source Programm einmal ausprobieren. LyX
Betriebssysteme Linux Linux ist Open Source und wird fortlaufend weiterentwickelt. Es ist in zahlreichen Distributionen (Ubuntu oder openSUSE sind für Einsteiger zu empfehlen) erschienen, darunter auch portable Versionen, die vom USB-Stick gestartet werden können. Red Hat Enterprise Linux (Federo Distribution) ist im BCC installiert. Jede Distribution kann mit verschiedenen grafischen Oberflächen (GUIs) arbeiten. Im BCC sind drei GUIs installiert (KDE, GNOME, Xfce). openSUSE / ubuntu
VMware Player Dieses Programm erlaubt es virtuelle Maschinen auf einem Windows- oder Linux-Rechner laufen zu lassen. So kann z.B. Windows unter Linux oder Linux unter Windows gestartet werden. Diese Software ist absolut kostenlos und frei nutzbar. VMware Player auf vmware.com
FTP WinSCP WinSCP ist ein grafischer FTP-Client für Windows und ermöglicht die sichere Datenübertragung zwischen zwei Computern im Internet. WinSCP auf winscp.net
Cloud-basierte Netzwerkvirtualisierung LogMeIn Hamachi Mit dieser Software lassen sich lokale Netzwerkwerke mit Computern auf der ganzen Welt simulieren. So ist Datenaustausch oder Computerspielen mit Freunden aus der ganzen Welt möglich, wie in einem LAN. Für nicht gewerbliche Zwecke gibt es eine kostenlose Version. LogMeIn Hamachi auf logmein.com
Kompression IZArc IZArc unterstützt sehr viele Archiv-Formate wie zip rar und tar und ist in der Lage CD-Image Dateien wie iso und bin zu öffnen. Es ermöglicht Konvertierung zwischen Image-Dateien und Verschlüsselung von Daten beim Packen. IZArc auf izarc.org
Browser Mozilla Firefox Mozilla Firefox ist der meist benutzte freier Browser. Die vielen Plug-Ins und Anpassungsmöglichkeiten werden hoch geschätzt. Mozilla Firefox
Opera Opera ist ein starker Browser, wodurch Quelltexte angezeigt und lokal geändert werden können. Auch nett ist die Widgets-Funktion. Zusätzlich zum normalen Browser existieren Versionen für Handhelds, Smartphones und sogar die Wii. Opera
Chrome Der neue Browser von google darf in dieser Liste nicht fehlen. Wobei es einige Gründe gibt, auf ihn zu verzichten: Eingaben in die Adressleiste werden an google gesendet. Auch andere Daten werden google übermittelt und zwar zusammen mit einer eindeutigen Nummer, die jeder Browser-Installation zugewiesen wird. Der GoogleUpdater, der mit Chrome installiert wird, übermittelt google sogar die privaten eMail-Adressen. In einer ersten Version von google Chrome sicherte sich google in den Nutzungsbedingungen sogar alle Rechte an den Inhalten, die vom Benutzer mit google Chrome erstellt wurden. Google Chrome ist kein OpenSource, aber ein Datenschnüffler. Chrome
Sicherheit Eraser Eraser ermöglicht das sichere Löschen von Dateien. Verschieden Algorithmen erlauben eine 35 Fache Überschreibung der Datei, so dass diese unwiederherstellbar ist. Eraser ermöglicht auch das Löschen zu programmieren, so dass dieser zB jede Woche gezielt stattfindet. Eraser auf Heidi.ie
Avast! Avast! ist ein freies Antivirus Paket in der Home Edition. Dieser muss aber jeden 14ten Monat erneut über einer gültigen e-Mail Adresse registriert werden. Avast
Avira Antivir Avira Antivir ist ein deutsches Antiviruspaket. Avira Antivir
Audio/Video VLC Player Dieser Mediaplayer enthält die meisten Codecs bereits integriert, sodass keine zusätzlichen Codecs installiert werden müssen. Er spielt daher fast alles ab. Es existiert auch eine portable Version für den USB-Stick. Der VLC Player ist Open Source und wird stetig weiterentwickelt. VLC media player
Winamp Winamp ist in der Standard-Version kostenlos und diente ursprünglich als mp3 Player, kann aber auch Videos abspielen. Über zahlreiche Skins und Plug-Ins lässt sich jede Installation personalisieren. Der Player lässt sich auch in die Taskleiste von Windows integrieren. Winamp
PDF Adobe Reader Jeder kennt ihn, jeder benutzt ihn: Den Adobe Acrobat Reader, um pdf Dateien zu lesen. Adobe Reader
QR Code QR Code Generator Diese Internetseite wird von uns verwendet um die netten 2D QR Codes zu erstellen. Smartphones können diese 2D Codes lesen und die Information verwenden, ohne das der Benutzer viel Text eintippen muss. Wir verwenden es um euch Verlinkungen zur BioKemika einfach auf Papier dastellen zu können. goQR.me