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Im Rahmen vom Vintage-Projekt des studentischen eLearning am Fachbereich 13 der Goethe-Universität werden alte studentische Projekte wieder erreichbar gemacht. Weitere Infos. Diese Kopie der BioKemika ist Read-Only, es ist kein Login zum Verändern der Informationen möglich.

Portal:Bioinformatik

Aus BioKemika

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Willkommen im BioKemika-Portal: Bioinformatik
Dieses Portal führt in biologische Datenbanken, Tools und Software ein, die im Life-Science Bereich unverzichtbar sind.



BioKemika-Inhaltsportal zum Thema Bioinformatik

Dieses Portal enthält Informationen über Software, Tools, Internet-Datenbanken und wissenschaftliche Websites, mit denen Wissenschaftler, insbesondere Biochemiker häufig konfrontiert werden. Ohne geht es heutzutage nicht mehr. Dennoch ist die Menge an Möglichkeiten kaum überschaubar. Daher wollen wir euch hier einen Informationspool bieten, in dem ihr recherchieren könnt. Außerdem erhaltet ihr hier alle notwendigen Direkt-Links zu den genannten Datenbanken und online-Tools sowie zu den Download-Seiten der entsprechenden Software. Falls ihr eine genauere und übersichtlichere Anleitung zum Suchen biochemischer Informationen im Internet benötigt, schaut euch die BioKemika-Metasearch an - eine extra für euch programmierte Erweiterung der BioKemika, die dich bei deiner Suche berät! Dazu möchten wir dir einen Einblick in die Welt der Freeware-Programme geben und Wege zeigen, wie man sich kostenlos dieselben Funktionalitäten nach Hause holen kann, wie man sie teilweise nur von teuren Software-Paketen kennt.

zum Portal Datenbanken

Dieses Portal soll dir einen groben Überblick über die Inhalte und Nutzung von wichtigen online-Datenbanken mit biochemischen Inhalten verschaffen. Am wichtigsten sind hier wohl die Datenbanken mit Informationen über Proteine und Gene, es werden jedoch auch Datenbanken für organische Verbindungen oder verschiedene Organismen aufgeführt. Die wichtigsten Datenbanken sind in größeren Web-Portalen organisiert. Das wohl bekannteste und wichtigste Web-Portal ist NCBI, das zahlreiche Datenbanken zusammenfasst. Viele der im Folgenden genannten Datenbanken sind auf NCBI zu Hause.

zum Portal Software und Tools

Hier findest du Informationen über Software und online-Tools, die dir dabei helfen Informationen zu organisieren, zu visualisieren und zu analysieren. Viele der hier vorgestellten Programme sind nicht notwendig, um bestimmte Aufgaben zu erledigen. Aber sie erleichtern einem das Leben erheblich, da sie die Aufgabe schöner, schneller und sicherer - einfach besser erledigen, als man manuell dazu in der Lage wäre. Tools und Software sind wichtig: von der Planung des Experiments bis hin zum Schreiben der Publikation. Tools helfen dir dabei optimale Rahmenbedingungen für dein Experiment abzuschätzen. Andere wie Struktur-Visualisierungsprogramme helfen dir bei der Präsentation deiner Resultate.

zum Portal Metasearch

Die BioKemika-Metasearch ist eine Wiki-Extension, die exklusiv für die BioKemika programmiert und entwickelt wird. Sie soll Studenten einen einfachen und benutzerfreundlichen Einstieg in die Welt der online-Datenbanken und -Tools bieten. Du klickst dich dabei zunächst durch verschiedene Such-Kategorien und definierst dabei wonach du suchen möchtest. Die MetaSearch kennt zahlreiche Datenbanken und kann dir genau sagen, welche Datenbank für deine Suchanfrage die besten Ergebnisse liefern wird. Zuletzt öffnet sich die gewählte Datenbank in einem Frame innerhalb der BioKemika. Die MetaSearch gibt dir weiter Hilfestellungen, obwohl du direkt auf der von der MetaSearch empfholenen Datenbank suchst.

zum Portal Freeware

Auf dieser Seite werden Programme aufgeführt, die für Studenten der Goethe Universität frei nutzbar sind. Dabei werden sowohl Software für wissenschaftliche Zwecke, als auch allgemeine Software berücksichtigt. Neben einer Kurz-Beschreibung des Programms findest du einen Link zu einer Download-Seite, auf der das Programm kostenlos heruntergeladen werden kann. Diese Seite ist weniger ein Informations-Portal, als eine Link-Sammlung für empfehlenswerte Software, die du kostenlos nutzen kannst. Für nähere Informationen zur hier gelisteten wissenschaftlichen Software, lese bitte im Portal Software und Tools nach. Dieses Portal enthält jedoch auch Software, die nicht frei nutzbar ist.

zum BCDS-Seminar Portal

Du würdest gerne die Inhalte dieser Portale didaktisch aufbereitet in einer Seminar-Reihe präsentiert bekommen? Kein Problem - BioKemika bietet seit 2010 das BCDS-Seminar an.

zum Portal Link-Tipps

Hier gibt es Tipps zu vielen guten Internet-Adressen zur Bewältigung des Alltags eines Lebenswissenschaftlers.


Vorschläge für neue Artikel des Portals Bioinformatik

Im Folgenden befindet sich eine Liste von Artikeln, die evtl. diesem Portal hinzugefügt werden oder bereits in Arbeit sind. Falls du einen bestimmten Artikel in diesem Portal vermisst, kannst du uns dies auf der Seite Artikelvorschläge mitteilen.

  • Informationen zur Suche von Literatur
    • Einführung in Journals (Abkürzungen, Index)
    • Aufbau eines Papers (Reihenfolge der Autoren etc.)
  • für jede Datenbank Erklärung der Benutzung, vor allem der ausgegebenen Dateien; Screenshot von Ergebnisseite und Nummerierung der einzelnen Fakten, Verweis auf Erklärenden Text
  • Links zu sämtlichen Internet-Tools mit erklärung der verwendung; Gute Vernetzung: erklären welche daten (z.b. aus welchen Datenbanken) für eine Analyse mit einem bestimmten Tool verwendet werden können; was gibt das Tool für Informationen heraus? Für welche biochemischen Fragestellungen, Experimente ist das Tool zur Vorbereitung und Analyse nützlich?
  • größere Software soll hier beschrieben werden; Tutorial-ähnlich oder Verweise zu guten Tutorials, Beschreibungen; Gegenüberstellung verschiedener Software des gleichen Typs.
  • Beschreibung der einzelnen Formate von z.B. Sequenzen: FASTA, RAW...